Com a instituição do Regime Autonómico dos Açores, são transferidas para os órgãos da Região as atribuições que na altura, vinham sendo exercidas pela Administração Central, através do Serviço de Lotas e Vendagem, sendo criado pela primeira vez sob o controlo da Região e por diploma de 6 de Novembro de 1979, um serviço de primeira venda de pescado - o Serviço Regional de Lotas e Vendagens.

Mais tarde em 1981 e por iniciativa da Secretaria Regional da Agricultura e Pescas é então criado o Serviço Açoriano de Lotas, E.P.- Lotaçor, através do Decreto Legislativo Regional Nº 10/81/A de 8 de Julho, absorvendo nos seus quadros todo o pessoal afecto ao Serviço Regional de Lotas e Vendagens.

Começam nesta data, a construção e adaptação de alguns edifícios dotando-os com as condições mínimas para a primeira venda, bem como a inclusão de balanças de ponteiro e caixas plásticas, até à data inexistentes na Região, em 52 lotas, ao mesmo tempo que se dotavam os pescadores e comerciantes de documentação própria correspondente às transacções de pescado.

Por outro lado, começava a construção de entrepostos frigoríficos, em algumas ilhas, dotando assim a Região de estruturas eficazes, até então inexistentes.

Na década de 90,a Lotaçor, sempre na perspectiva de melhor apoiar o sector e promover a qualidade do pescado capturado, enceta uma série de construções de novos edifícios de Lota, com melhores condições de higiene e trabalho.

A nível administrativo, é iniciada a informatização dos mesmos serviços, dotando a Sede e Delegações de Angra do Heroísmo e Horta do chamado escritório electrónico.

Em 1993, é informatizada a Lota de Ponta Delgada, ao que se seguiram Rabo de Peixe, São Mateus da Calheta, Praia da Vitória, e mais recentemente Santa Cruz da Horta, ficando assim as cinco maiores Lotas da Região dotadas de modernos sistemas de leilão informatizado.

Passados quase 24 anos da data da sua criação, a Lotaçor atravessa presentemente uma fase de reestruturação interna, com uma nova estrutura orgânica e novos conceitos de funcionamento, e redução do número de lotas existentes, acompanhadas de um novo sistema de gestão integrada, garantindo assim um constante melhoramento e desempenho, preparando-se para novos desafios, sempre na perspectiva de melhor servir o sector.

Estão já equipadas com o novo sistema informático, as lotas de Ponta Delgada, Rabo de Peixe, São Mateus da Calheta e Praia da Vitória, que para além de permitirem um Leilão do Pescado mais moderno e eficaz, vem de encontro às normas comunitárias em vigor, que exigem na venda do pescado, aspectos como a classificação e a tracibilidade das espécies comercializadas, bem como um controlo veterinário constante.

Porém, no âmbito da necessidade de reestruturação do sector público empresarial regional, por forma a dotá-lo de melhores condições, com vista a novos desafios e outras actividades que poderão existir no futuro, a Lotaçor, é transformada em sociedade anónima, através de Decreto Legislativo regional nº 19/2005/A, adquirindo assim a designação de LOTAÇOR-Serviço de Lotas dos Açores, S.A.

É também em Fevereiro de 2006 que a Lotaçor inaugura um moderno edifício para a sua Sede, dotado de modernas tecnologias capazes de suportar o actual desenvolvimento digital, que se impõe numa sociedade cada vez mais exigente.

Também são utilizadores deste edifício, organismos como a Direcção Regional das Pescas, e a Inspecção Regional das Pescas, que vêm contribuir para uma melhor articulação de serviços, beneficiando assim os pescadores e compradores de pescado, que vêm assim simplificadas algumas tarefas ligadas às suas actividades.